1 września1939 hitlerowskie Niemcy napadły na Polskę. Atak z trzech stron od zachodu, północy i południa zakładał także zniszczenie twierdzy w Brześciu, lotniska w Białej Podlaskiej, Podlaskiej Wytwórni Samolotów oraz głównej Bazy Lotnictwa Bombowego w Małaszewiczach. Ataki lotnicze polegające na zrzucaniu małych bomb zapalających nie oszczędzały pobliskich wsi. Trakt brzeski był ciągle ostrzeliwany przez lotnictwo niemieckie. 7 września przez Podlasie ewakuował się Sztab Główny Armii Polskiej z marszałkiem Edwardem Śmigły-Rydzem. 14 września po wkroczeniu na Południowe Podlasie Niemcy zaplanowali zdobyć Brześć. Po dwudniowym oporze polska załoga opuściła twierdzę kierując się w stronę Terespola. 17 września 1939 roku nastąpił IV rozbiór Polski – od wschodu bez wypowiedzenia wojny zaatakowała nas sowiecka Rosja – jej wojska wkroczyły do Białej Podlaskiej już 22 września. Armia Czerwona na ziemiach Polskich dokonała wielu zbrodni wojennych.. Tysiące oficerów WP i funkcjonariuszy różnych służb, trafiło do niewoli. Na wiosnę 1940 roku ponad 20 tysięcy z nich zostało zamordowanych strzałem w tył głowy w Katyniu i Ostaszkowie. W wyniku ustaleń niemiecko – sowieckich tereny wokół Białej Podlaskiej zostały przyznane Niemcom, którzy szybko przystąpili na tych terenach do tworzenia własnej administracji. Utworzona wówczas Generalna Gubernia traktowana była, jako kolonia i wykorzystywana na potrzeby produkcji wojennej III Rzeszy. GG była także rezerwuarem siły roboczej, przeznaczonej do najcięższych prac. Łapanki i wywózki młodych mieszkańców Podlasia na roboty do Niemiec były stałym obrazem rzeczywistości. Przez cały czas na ziemiach Podlasia trwały jednocześnie niemieckie przygotowania do rozpoczęcia wojny z ZSRR. Do czerwca 1941 roku Niemcy zgromadzili na Podlasiu ponad 3 mln żołnierzy. Ich zadaniem miało być zdobycie Moskwy. Starsi mieszkańcy Zaczopek opowiadali o stacjonowaniu niemieckich żołnierzy w ich domach. Atak nastąpił 22 czerwca 1941 roku. Głównym celem ataku wojsk stacjonujących w okolicach Zaczopek był Brześć. Szybkie zwycięstwa niemieckie nad Armią Czerwoną były też wyzwaniem dla mieszkańców Podlasia – problemem były obozy dla jeńców rosyjskich. Koszty prowadzenia obozów były przerzucane na lokalne gminy, a za pomoc okazywaną przetrzymywanym w nieludzkich warunkach jeńcom groziła kara śmierci. Miejscowi Ukraińcy wspierani przez Niemców prowokowali konflikty z Polakami. W trakcie okupacji dokonywano też na masową skalę eksterminacji ludności żydowskiej tworząc getta i wywożąc na pewną śmierć do obozów koncentracyjnych. W latach okupacji hitlerowskiej na Południowym Podlasiu aktywnie działały oddziały Armii Krajowej i Batalionów Chłopskich.
W lipcu 1944 radziecka operacja Bagration doprowadziła do wyzwolenia m.in. Polesia, a jej fragment operacja brzesko – lubelska doprowadziła do zniszczenie wojsk niemieckich w środkowej i wschodniej Polsce. Twierdza brzeska broniona przez niemiecki garnizon i szereg umocnień była jednym z celów ataków wojsk radzieckich. Po opuszczeniu przez Niemców twierdzy walki artyleryjskie i bitwa pancerna toczyły się także w okolicach Zaczopek. Same Zaczopki zostały zniszczone niemal całkowicie. Nasz sąsiad opowiadał, że zaraz po walkach “mieszkał” pod brezentową płachtą umocowaną do płotu. Cmentarz w Pratulinie jest miejscem ostatniego spoczynku nieznanych 154 Nieznanych Żołnierzy Armii Czerwonej poległych w lipcu 1944 roku.
Rosyjskie “wyzwolenie” umożliwiło zainstalowanie się na polskich ziemiach Polskiego Komitetu Wyzwolenia Narodowego, a później Tymczasowego Rządu Jedności Narodowej. Na kolejne 45 lat Polska znalazła się pod wpływem ZSRR.
